ترکیبات فعال موجود در این گیاه شامل شامازولن، بیزابولول، لوتئین و اپی ژنین می باشد. خواص درمانی این گیاه بسیار زیاده بوده و شامل اثرات ضد التهاب، ضد میکروب، ضد اسپاسم و ترمیم کننده زخم است. اکسید بیزابولول A و B موجود در این گیاه بر طیف وسیعی از باکتری های گرم منفی، گرم مثبت و قارچ ها اثر می گذارند. باسیلوس سرئوس، استاف ارئوس، استرپتوکوک پیوژن و قارچ کاندیدا آلبیکانس حساس ترین آنها می باشند. امروزه اثر بابونه بر پوست آسیب دیده، زخم های دیابتی وسایر زخم های عفونی مورد توجه می باشد. مکانیسم اثر ضد باکتری بابونه از طریق وقفه رشد باکتری، با اتصال به دیواره سلولی آن می باشد. مهار رشد قارچ نیز از طریق مهار بیوسنتز ارگوسترول موجود در قارچ می باشد. شامازولن موجود در بابونه با مهار لکوترین ها و پروستاگلاندین ها سبب مهار فرآیند التهاب می گردد. خواص ضد التهاب، ضد میکروب و آنتی اکسیدان این گیاه سبب شده است که در ترمیم و بهبودی زخم اثر به سزائی داشته باشد. طبق تحقیقات انجام شده مصرف عصاره بابونه در موش هائی که دچار زخم دیابتی شده بودند، سبب کاهش اندازه زخم و التهاب آن شده است. فلاونوئیدها و سایر ترکیبات فعال موجود در این گیاه سبب افزایش اپی تلیزاسیون، افزایش تعداد فیبروبلاست ها و سنتز کلاژن می گردد. طی مطالعه ای مصرف موضعی بابونه در مقایسه با زینک اکسید بر روی زخم های دیابتی موش ها باعث افزایش تشکیل عروق جدید، بافت های جدید و تسریع فرآیند بهبود زخم شده است. در یک مطالعه دوسوکور بر 14 بیمار که زخم های ناشی از تاتو داشته اند مصرف موضعی بابونه مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه سرعت ترمیم زخم با مصرف بابونه بیشتر از مصرف کورتیکوستروئیدها بوده است.